Desde su anuncio y previo a su inauguración, el Tren Maya ha sido objeto de una intensa campaña de desinformación y noticias falsas:

Falso ecocidio

Un ataque constante contra esta Mega Obra fue la del falso ecocidio y la deforestación. No obstante, a lo largo de la ruta del Tren Maya el programa Sembrando Vida ha reforestado 441 mil 835 hectáreas con 982 millones 40 mil 984 plantas, la obra cuenta con más de 500 pasos de fauna.

Además, como parte del Tren Maya se crearon las reservas naturales del Corredor Biológico del Tren Maya, con más de 44 mil hectáreas; Nueva Uxmal, con una superficie de 2 mil 200 hectáreas; el Mangle Puerto Morelos., con más de 500 hectáreas; y el área natural protegida El Jaguar, con 2 mil 249.71 hectáreas, anexa al parque nacional Tulúm, que tiene 674 hectáreas, y por último  la región “Gran Calakmul” la cual tendrá un total de 1.5 millones de hectáreas y será la segunda reserva de selva tropical terrestre más grande del mundo después del Amazonas, en Brasil.

Falsa imposición del Tren Maya a comunidades

Otra campaña de desinformación aseguraba falsamente que la Ruta del Tren Maya fue impuesta a las comunidades, lo cual fue desmentido por ejidatarios de Quintana Roo quienes explicaron cómo fueron los procesos de información, discusión y consulta entre las comunidades para aprobar el proyecto.

Falsa corrupción en el Tren Maya

Comentaristas en medios de comunicación y redes sociales aseguraron falsamente que en el manejo del presupuesto para le Tren May existió corrupción, usando como único argumento el aumento en el costo del Proyecto, sin considerar la ampliación del mismo, que paso de ser solamente la línea férrea, a un proyecto con hoteles, parques naturales, museos y rescate arqueológico.

Falsa inauguración del Tren Maya

En julio de 2023 llegó a Quintana Roo el primer convoy del Tren Maya proveniente de los talleres de Ciudad Sahagún, Hidalgo, pero medios de comunicación y usuarios de redes sociales reportaron falsamente que se trataba de la inauguración del Tren Maya, sobre vías incompletas e incluso aseguraron que el convoy no funcionaba porque fue empujado por una pequeña locomotora.

Falsos colapsos en la construcción del Tren Maya

En septiembre y octubre de 2023 circularon noticias falsas que aseguraban el colapso de un muro de construcción y de un puente en la ruta del Tren Maya, sin embargo, la primera imagen correspondía al derrumbe de una obra en construcción en El Salvador. Mientras que la segunda imagen, aunque corresponde a la construcción del Tren Maya, no se trató de un derrumbe, sino de "una acción realizada con seguridad y bajo estricta supervisión técnica y profesional".

Falsa destrucción de vestigio ecológico y de la cueva La Dama Blanca

Ante el ataque de noticias falsas sobre la destrucción del vestigio arqueológico y de cuevas y cenotes como la Dama Blanca, el director del INAH, Diego Prieto publicó una carta en mayo de 2023 en la que desmiente estas versiones y explica que el Instituto de Antropología e Historia mantiene su labor de acompañamiento del Proyecto Integral Tren Maya, con directrices en la protección de patrimonio en las acciones de exploración, recuperación, conservación y protección de monumentos arqueológicos. Además, Diego Prieto explicó que el INAH ha desarrollado labores de investigación y salvaguarda de cenotes, cuevas y otros cuerpos de agua, incluida la cueva de la Dama Blanca donde en mayo de 2023 el Instituto verificó el estado de conservación de la cueva como de los monumentos arqueológicos comprobando que se encontraban intactos.